上海农科院近年来，“科技创新、科学普及两手抓；菜篮、米袋、果盆、书籍齐丰收”，共有10项成果获得2006年度上海市科学技术奖励。其中，上海市技术发明奖一等奖1项、科技进步奖二等奖3项，科技进步奖三等奖6项。 
　　上海市技术发明奖一等奖为“长江流域杂交晚粳稻恢复系的恢复系申恢254，申恢1号的选育与利用”。该项目针对长江流域粳型稻杂交缺乏强恢复力的恢复系而杂种优势不明显的现状，在晚粳稻品种中导入籼稻恢复基因，成功育成长江流域大面积应用的强优势杂交晚粳恢复系申恢254和申恢1号；并成功地将强恢复基因稳定到长江流域粳稻恢复系中，解决了杂交粳稻大穗、结实率低的弊端；并在沪郊、浙、苏等地推广应用，累计共增产优质稻谷7564万公斤，新增产值12746.9万元，取得了显著的经济效益。该杂交组合已合成为上海及长江流域种源农业的重要支撑，在农业结构调整中发挥重要作用。
　　上海市科技进步奖二等奖分别是“基因宝库丛书”、“基因合成及微生物工程菌株构建的新方法”、“设施农业数字化技术应用研究与开发”。
　　《基因宝库丛书》全书引用了丰富的科学事例，阐明基因科学与人类丰衣足食、安居乐业、延年益寿、和谐社会的关系。丛书对相关的生物技术也进行了较全面的介绍，并引用了近几年出现的新概念和取得的成就。 
　　“基因合成及微生物工程菌株构建的新方法”项目提出了构建微生物工程菌株的新技术，处于国际领先水平。项目申报国家发明专利4项，发表sci论文8篇。研究成果转让后获得了204万元的直接经济收入，并为生产企业新增产值l000多万元，解决了目前国际上应用的肌苷生产菌株产量难以突破等世界性难题。 
　　“设施农业数字化技术应用研究与开发”项目形成了集设施环境、生物信息采集、温室环境智能控制、温室作物栽培管理标准化和数字化于一体的技术，并通过网络技术，在国内率先实现了设施栽培的远程优化管理和监控，创经济效益1亿多元。
　　上海市科技进步奖三等奖有6项。“北冬虫夏草子实体有效成分连续分离流程及其生物活性物质制品产业化技术研究”。技术上居国际先进，国内领先水平。产业化实施中子实体年产量达3吨，生物活性物质年产量达700公斤。
　　“郊区污染河道的水环境治理技术研究与示范”，项目提出了采用生态浮床技术为关键技术的治理思路，构建了9套在三种不同污染程度河道应用并符合目标要求的技术模式。 
　　“双低油菜良种的辐射推广”，该项目培育出高产、多抗具有自主知识产权的双低油菜新品种“沪油15”和“沪油16”，获得国家品种审定和国家品种权保护。累计推广品种144万公顷。 
　　“设施哈密瓜新品种选育及无公害栽培技术研究”，项目选育出具有较强的耐湿、耐弱光和抗病性强的哈密瓜新品种“东方蜜1号”和“东方蜜2号”，有机栽培的技术为国内首创。 
　　“设施栽培土壤连作保障的诊断及其绿色综合修复技术研究”，探明了连作障碍是土壤次生盐渍化、土传病害和自毒作用的综合作用结果。
　　“鲜食加工兼用型早熟黄桃新品种‘锦香’的选育与应用”，育成我国首个大果形鲜食加工兼用型早熟黄桃新品种“锦香”，在沪、浙，闽等南方地区累计推广685多公顷，已成为上海的主栽早熟品种。